Beim Bundeskongress treffen sich einmal jährlich die Delegierten aller Landesverbände der JEF Deutschland und beraten inhaltliche und organisatorische Beschlüsse. Außerdem wird alle zwei Jahre auf dem BuKo der Bundesvorstand neu gewählt. Alle JEF-Mitglieder sind herzlich willkommen, als Gäste am BuKo teilzunehmen.

Die Delegierten der JEB werden bei der Mitgliederversammlung jedes Jahr neu gewählt. Sie vertreten die JEB bei dem Bundeskongress mit Stimmrecht; das Mandat ist nicht an Weisungen gebunden. Zur Zeit sind Moritz, Franziska und Martin die Delegierten der JEB.

Einzelne Bundeskongresse:

 Kiel, Okt. 2011

 Berlin, Okt. 2010

 Weinheim, Okt. 2009